La proclamación de la independencia de Yucatán, su escisión de México en 1841, alentó a los indígenas mayas a sublevarse en julio de 1847 contra la dominación de los blancos, un año después de la invasión norteamericana (1846-1848) que terminó mutilando un 40% del territorio mexicano. Por ese tiempo estallaron en diferentes regiones de México rebeliones lideradas por indígenas, razón por la cual las llamaron guerra de castas.

El paso de la Colonia a la vida independiente en México no benefició a los indígenas pues la carga de pagos para el gobierno y para el clero se hizo onerosa. A esta circunstancia, se agregó la expansión de las haciendas en Yucatán, ocupando “terrenos baldíos”, que en su mayoría eran tierras colectivas indígenas, que se pusieron a la venta beneficiando a los empresarios, los curas y los militares. Al buscar incorporar a Yucatán a la producción capitalista, el gobierno limitó el tamaño de los ejidos y la tierra se convirtió en “mercancía bajo la ficción de baldíos”, según lo señala Peniche.

En esos años, las distintas facciones políticas que anhelaban el poder en Yucatán, menciona Molina (1992, p.184), tomaron a los mayas como infantería dotándolos de armas prometiendo recompensarlos con la reducción de las contribuciones civiles y religiosas, igual promesa se hizo para que los indígenas mayas lucharan por el gobierno de Yucatán contra la República centralista. La supresión de obvenciones parroquiales y de las contribuciones y el reparto de tierras fueron incentivos eficaces (González, 1968, p.14). No obstante, cuando los indígenas utilizaron sus armas para rebelarse ante el despojo de tierras y cobros excesivos (Peniche, 2002), la lucha de los mayas se interpretó como una guerra de la barbarie contra la civilización.

Tanto en los círculos conservadores como en los liberales se percibía que la llamada guerra de castas ponía en peligro la civilización y la supervivencia de los blancos. Ante esta preocupación y actuando por cuenta propia, escribe González (1968, p.17), José María Luis Mora solicitó en 1848 el apoyo de Inglaterra para poner fin a la rebelión. La respuesta fue que se procurase el blanqueamiento de la población. Por esta razón Mora sugirió al gobierno mexicano favorecer el asentamiento de extranjeros en México y arrojar de Yucatán “a los hombres de color”.

En efecto, liberales o conservadores consideraron, por lo general, que el problema indígena era un obstáculo para el progreso, pues este sector no estaba dispuesto a cambiar sus formas de vida y que la guerra de castas confirmaba su peligrosidad para el resto de la sociedad. La afirmación pública del yerno del gobernador de Yucatán puede ser representativo de este pensamiento: “Yo quisiera que hoy desapareciera esa raza maldita [los mayas] y jamás volviese a aparecer entre nosotros” (Sierra O´ Really, citado en Molina, 1992, p. 184).

Los nombres de tres caciques mayas destacan al inicio de la guerra en 1847: Manuel Antonio Ay, Jacinto Pat y Cecilio Chí, éste último buscaba exterminar a todos los blancos mientras que los otros dos se conformaban con arrojarlos de Yucatán (González, 1979, p. 76). La rebelión fue cobrando fuerza, González (1979, p. 80) menciona que entre 12 a 15 mil indios bajo el mando de Chí sitiaron Valladolid en 1847 causando grandes destrozos. En este punto inició la llamada guerra, en la que la crueldad de ambos bandos quedó manifiesta. Se arrasó también con haciendas, pueblos e iglesias. Para 1848, el mismo autor (1968, p.18) afirma que tres cuartas partes de la península estaban en poder de los rebeldes. No obstante, no todos los indígenas se involucraron en la rebelión, por ejemplo en 1857 varios hacendados de Mérida enviaron contingentes indios para atacar Campeche donde mil personas murieron en Tekax, situación que permite observar que, a menudo, los bandos en conflicto no podrían definirse como castas

Al respecto Guzmán (2010, p.3) informa que los periódicos El Globo, El Universal y El Siglo Diecinueve, exigieron que se organizaran ejércitos dedicados al exterminio de los rebeldes a quienes se consideró traidores a la patria por insurreccionarse cuando el país enfrentaba la intervención estadounidense. Por otro lado, el Monitor Republicano consideró que había que negociar con los mayas, mientras se implementaba otra medida de mayor alcance: la desaparición de la población indígena, no por la fuerza de las armas sino por las de la civilización: educarlos y mezclarlos con la sociedad. Privar en 1847 a los indígenas mayas de sus derechos en agosto de 1847, permitiría “tutelarlos y corregirlos” (González,1968, p. 14). La venta de indígenas mayas a Cuba fue uno de los resultados de ese pensamiento. Después de todo, los mayas de ese tiempo, “disolutos” e “idólatras”, no eran considerados descendientes de los mayas prehispánicos (Molina, 1992, p. 190).

Cuando el liberalismo se estableció, las legislaciones estatales se ajustaron. En 1870 en Yucatán se dispuso una división de ejidos entre los indígenas y los labradores pobres. No obstante, informa González (1979, p.191) en 1875 se cobraba a quienes labraban los ejidos. Tampoco se había abandonado el trabajo esclavo de los indígenas mayas para las haciendas, donde el trato cruel prevaleció.

Mientras tanto, en la parte oriental de la península los mayas rebeldes seguían resistiendo al gobierno federal y al estatal. La cercanía con Honduras Británica aseguraba suministro de armas a cambio de productos como palo de tinte y maderas preciosas. La indefinición de la frontera con Belice propició también el avance de los extranjeros que incursionaban para explotar los recursos naturales de México. El gobierno de Porfirio Díaz atendió la rebelión maya y la amenaza a la integridad del territorio nacional estableciendo acuerdos diplomáticos que resultaron en la firma del Tratado de Límites territoriales entre los Estados Unidos Mexicanos y el Reino Unido el 8 de julio de 1893 (Samaniego, 2010, p.17). El mismo autor (p.24) describe cómo el arribo de buques de la Marina Mexicana fue cerrando el cerco sobre los mayas rebeldes que ya no recibían armas por contrabando.

Además de sofocar la rebelión, se asumió el control de la frontera con Honduras británica estableciendo una base militar permanente en la Bahía de Chetumal. La ofensiva por mar y tierra logró vencer la resistencia maya, de manera oficial el 3 de mayo de 1901 con la toma de Chan Santa Cruz. Esta población y Bacalar fueron los baluartes de la resistencia maya, quienes, acuciados por el hambre y la falta de armas, sucumbieron ante los militares (Macías, 1999, pp. 44-45). Estas acciones marcaron el 3 de mayo de 1901 el final de la Guerra de castas, el territorio maya quedaba sometido al poder federal, la creación de un territorio federal que se llamaría Quintana Roo, separado de Yucatán y Campeche aseguró el control de la frontera.